农产品购进发票是包含增值税的，但其处理方式与普通商品发票有显著不同，存在“计算抵扣”的特殊政策。
下面为您详细解释几种常见情况：
核心结论：农产品发票通常“价税合一”
您看到的农产品发票上的金额，通常是含税金额。但根据销售方的身份和开具的发票类型，您（购买方）抵扣进项税的方式也不同。
分情况详解：
1. 从农业生产者（农民、农业合作社）手中购进自产农产品
这是最特殊的一种情况，享受增值税免税政策。
- 您取得的发票：通常是增值税普通发票（或农产品销售发票），发票上金额是含税的，但税率栏显示“免税”。
- 您的抵扣方式：计算抵扣。您无法直接看到税额，需要根据发票上注明的农产品买价和法定的扣除率（通常为9%或10%）自行计算可抵扣的进项税额。
- 例如：您从农民手中收购一批玉米，取得免税普通发票，金额为10,000元。您当期可以计算抵扣的进项税额为：
10,000 × 9% = 900元。您的采购成本就是 10,000 - 900 = 9,100元。
2. 从一般纳税人企业购进农产品
这类企业销售农产品通常适用9%的税率。
- 您的抵扣方式：凭票抵扣。您可以直接根据专用发票上注明的税额进行抵扣。这是最常规的抵扣方式。
3. 从小规模纳税人企业购进农产品
情况较为复杂，取决于对方开具的发票类型。
- 情况A：取得专用发票
- 您的抵扣方式：凭票抵扣。您按照发票上注明的税额进行抵扣。
- 情况B：取得增值税普通发票
- 您的抵扣方式：计算抵扣。类似于从农业生产者处购货，您可以按照发票上注明的买价和9%的扣除率计算抵扣进项税额。
进项税额 = 买价 × 9%
总结与对比
为了更清晰，您可以参考下表：
| 销售方身份 |
发票类型 |
发票特点 |
购买方抵扣方式 |
计算公式 |
| 农业生产者 (自产自销) |
增值税普通发票（免税） |
金额栏为含税价，税率为“免税” |
计算抵扣 |
进项税额 = 买价 × 扣除率 (9%/10%) |
| 一般纳税人 |
增值税专用发票 |
分别注明金额和税额 (税率通常为9%) |
凭票抵扣 |
按发票注明税额抵扣 |
| 小规模纳税人 |
增值税专用发票 |
分别注明金额和税额 (征收率为3%或1%) |
凭票抵扣 |
按发票注明税额抵扣 |
| 小规模纳税人 |
增值税普通发票 |
金额栏为含税价 |
计算抵扣 |
进项税额 = 买价 × 扣除率 (9%) |
特别提醒：
- 扣除率的选择：购进农产品用于生产税率为13%的产品（如食品、饮料）时，在领用环节可以加计1% 抵扣，即总计按10% 的扣除率计算进项税额。平时抵扣时先用9%，后期再加计1%。
- 发票是关键：无论哪种方式，都必须取得合法的发票（增值税发票、农产品销售发票、海关进口增值税专用缴款书等）作为抵扣和入账的凭证。
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