根据国家税务总局发布的《企业所得税优惠政策事项办理办法》及相关公告，企业享受优惠事项采取“自行判别、申报享受、相关资料留存备查”的办理方式。
这意味着，您无需在申报时向税务机关提交所有资料，但必须将所有相关资料整理、归档，并妥善保管，以备税务机关的后续核查。
以下是需要留存备查的核心资料清单，主要围绕高新技术企业资格的维持条件展开：
一、核心资格证明资料
- 《高新技术企业证书》：这是享受税收优惠的直接凭证。
二、证明相关指标持续达标的资料
这部分是备查资料的核心，用以证明企业在优惠年度内始终符合高新技术企业的条件。
1. 知识产权资料
- 企业研发活动相关的知识产权证书、专利缴费收据等。
- 知识产权转让/许可的合同及备案证明。
- 反映技术水平的证明材料（如专利说明书摘要）。
- 参与制定标准、政府科技立项等的证明文件（可作为知识的吸收与转化能力的补充证明）。
2. 研发活动资料
- 研发项目相关文件：
- 企业立项决议书、项目计划书。
- 研发项目预算、编制说明和研发费用辅助账。
- 研发过程记录：
- 研发活动记录（如会议纪要、研发日志、测试报告等）。
- 委托研发、合作研发的合同或协议。
- 研发成果证明：
- 研发项目阶段性或最终成果报告（如结题报告、验收报告）。
- 样品、样机的检测报告、用户使用报告等。
3. 研发费用归集资料
- 《研发费用辅助账》 及汇总表：这是证明研发费用占比达标的关键。
- 研发费用各明细科目的原始凭证：
- 人员人工费用：研发人员名单、工资表、社保缴纳证明、个税申报表等。
- 直接投入费用：材料、燃料动力费的领用单、采购发票；用于研发的仪器设备租赁费、检验测试费发票等。
- 折旧与摊销费用：用于研发的仪器、设备、无形资产的折旧摊销表。
- 其他相关费用的票据（如知识产权申请费、差旅费等）。
- 中介机构出具的专项审计报告（虽然自行判别，但报告是强有力的备查证据）。
4. 高新技术产品（服务）收入资料
- 高新技术产品（服务）的认定材料：包括产品（服务）的技术合同、检测报告、销售合同、知识产权支撑说明等。
- 收入归集资料：
- 企业高新技术产品（服务）收入明细表。
- 对应的产品销售发票、服务提供合同及收入记账凭证。
- 中介机构出具的高新技术产品（服务）收入专项审计报告。
5. 科技人员资料
- 企业职工总数、科技人员情况说明。
- 科技人员名单：包括姓名、身份证号、学历专业、岗位、累计实际工作时间等。
- 科技人员的工资表、社保缴纳证明、劳动合同等，以证明其工作时间占比符合要求。
6. 其他综合性资料
- 企业年度财务会计报告（包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书）。
- 企业所得税年度纳税申报表（尤其是A104000期间费用明细表、A107041高新技术企业优惠情况及明细表等）。
- 科技成果转化证明材料（如转化结果的产品照片、合同、发票、检验报告等，以及转化汇总表）。
- 研发组织管理水平证明材料：
- 研发组织管理制度、研发投入核算体系文件。
- 产学研合作协议、研发机构设立文件及设备清单。
- 科技成果转化的组织实施与激励奖励制度、开放式创新创业平台建设情况等。
- 企业成长性指标计算说明及相关财务报表依据。
留存备查资料的管理要点
- 真实性：所有资料必须真实、准确、完整，能够清晰、充分地证明企业符合高新技术企业的各项条件。
- 逻辑性：资料之间应能相互印证，形成完整的证据链。例如，研发项目、研发费用、研发人员、科技成果、高新产品收入之间应存在合理的逻辑关系。
- 保管期限：这些资料的保管期限应为享受优惠事项后10年。企业如在优惠期内相关条件发生变化（如知识产权失效、人员比例不达标等），应停止享受优惠，并主动向税务机关报告。
- 配合核查：税务机关在后续管理中会对企业享受优惠事项的情况进行核查，企业有义务按要求提供留存备查资料，并予以解释说明。
总结建议：
为了顺利享受高新技术企业税收优惠并规避风险，建议企业设立专门的档案，按照上述清单系统性地整理和归档相关资料。最好能参照每年申报高企认定时所准备的资料标准来进行日常管理和年度归档，做到有备无患。
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