在土地增值税清算过程中，不得扣除的项目是税务稽查的重点，也是企业容易出错的地方。根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其实施细则、以及国家税务总局发布的相关文件（如国税发〔2006〕187号、国税发〔2009〕91号等），以下项目在计算土地增值税扣除项目金额时，不允许扣除：
取得土地使用权所支付的金额相关的不得扣除项目：
- 未取得合法有效凭证的土地款及相关税费： 支付的土地出让金、土地征用及拆迁补偿费、契税等，如果没有取得财政票据、完税凭证、拆迁补偿协议及支付凭证等合法有效凭证，不得扣除。
- 土地闲置费： 因超过出让合同约定的动工开发日期而缴纳的土地闲置费，不得扣除。这是对企业未按时开发土地的惩罚性支出。
- 逾期开发支付的土地使用税： 因未按合同约定时间开发而额外缴纳的城镇土地使用税，通常也不得扣除。
房地产开发成本相关的不得扣除项目：
- 未取得合法有效凭证的成本支出： 所有计入开发成本的支出（如前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用），如果未能取得建筑安装发票、服务业发票、工程结算单、合同及付款凭证等合法有效凭证，不得扣除。
- 预提（应付）成本费用： 除特定情况外（如国税发〔2009〕31号文对房地产企业所得税处理允许的部分预提），土地增值税清算时，对于尚未实际支付的、仅预提计入开发成本的费用（如工程尾款、质量保证金等），原则上不得扣除。例外情况： 有合同明确约定且金额确定，并在清算后规定期限内（通常为3个月内）实际支付的建筑安装工程费，可在特定条件下申报扣除（需严格符合当地税务机关规定）。
- 清算后才实际发生的成本费用： 在土地增值税清算时点之后才实际发生并支付的各项成本费用，不得在本次清算中扣除。
- 与开发项目无关或应由其他项目承担的成本： 将其他项目的成本、或与企业整体经营有关的成本（如总部管理费用）错误分摊到本项目开发成本中的部分。
- 已列入开发成本，但实际属于销售费用、管理费用或财务费用的支出： 例如，将项目营销人员的工资、广告宣传费、与开发项目不直接相关的利息支出等错误计入“开发间接费用”。
- 公共配套设施移交给非业主单位且未取得收入的成本： 建成后产权属于全体业主的，或无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的公共配套设施，其成本可以扣除。但如果移交给其他单位（非政府、非公用事业、非全体业主）且未取得任何经济利益的，其成本不得扣除。
- 已销售但未按规定分摊的公共配套设施成本： 对于建成后有偿转让的公共配套设施，应独立核算成本并分摊土地成本。如果未能合理分摊，其成本可能被调整或不得扣除。
房地产开发费用（销售费用、管理费用、财务费用）相关的不得扣除项目：
- 利息支出中的超标部分：
- 超过国家规定上浮幅度的利息： 向金融机构借款的利息支出，超过商业银行同类同期贷款利率计算的部分（特别是超过上浮幅度部分）。
- 超过商业银行同类同期贷款利率的关联方借款利息： 向非金融机构（特别是关联企业）借款的利息支出，超过按商业银行同类同期贷款利率计算的数额的部分。
- 超比例借款的利息： 不能提供金融机构证明或符合特定条件选择比例扣除的，其实际利息支出本身不再单独计算扣除，而是按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”之和的5%以内计算扣除。超出此比例计算的部分自然不得扣除。
- 逾期利息、罚息： 因逾期还款被银行加收的罚息、复利等。
- 与开发项目无关的期间费用： 将与企业整体经营或其他项目相关的销售费用、管理费用计入本项目开发费用。
- “据实扣除”情况下无法划分的利息： 如果选择对利息支出据实扣除，但存在多项目共同贷款且利息无法按项目合理划分的情况，该部分利息可能不允许扣除或需按合理方法强制分摊。
与转让房地产有关的税金相关的不得扣除项目：
- 未实际缴纳的税金： 在清算时点尚未缴纳的印花税、城市维护建设税、教育费附加等（土地增值税本身不能扣除）。
- 代收代缴费用未作为收入处理的： 如果代收费用（如燃气初装费、有线电视初装费等）未计入房价，而是作为代收代缴款项管理，那么相应的代收款项既不计入收入，其代缴的款项也不得作为税金扣除。
其他不得扣除项目：
- 旧房及建筑物的评估价格中不包含的项目： 在转让旧房时，扣除项目是房屋评估价格、取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用、转让环节缴纳的税金。房屋的原始购置成本、折旧、后续装修费等（除非已包含在评估价中且评估方法符合规定）不能直接扣除。
- 违法、违规支出： 如贿赂、罚款、滞纳金、因违反法律法规被没收的财物损失等。
- 已经作为扣除项目处理的折旧： 对于企业自用或出租的开发产品，如果将其转为固定资产或投资性房地产后计提的折旧，在转让该房地产时，该部分折旧不得在土地增值税清算中重复扣除。
- 取得土地使用权时支付款项的利息： 计入“取得土地使用权所支付的金额”的通常是地价款本身和相关税费，为取得土地而发生的借款利息，通常计入“房地产开发费用”中的财务费用处理（受利息扣除规则限制），而不是直接加到土地成本中。
关键原则总结：
- 真实性、合法性、相关性： 所有要求扣除的支出必须真实发生、取得合法有效凭证、并且与清算的房地产项目直接相关。
- 实际支付（特定预提除外）： 原则上要求款项已实际支付（建筑安装工程尾款等特定预提有严格条件）。
- 权责发生制与清算时点： 清算时点后的支出不能扣除。
- 区分成本与费用： 严格区分应计入开发成本的支出和应作为期间费用（销售费用、管理费用、财务费用）的支出。
- 利息扣除的特殊规则： 利息支出是重点审查对象，必须符合“据实扣除”或“比例扣除”的规则，注意关联方借款、超利率、超比例的限制。
- 凭证为王： 合法有效的原始凭证是支撑扣除项最关键的证据。
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