合伙协议与公司章程是两种不同的法律文件，分别适用于不同的商业组织形式，核心区别在于法律基础、适用主体、法律效力及内容侧重点。以下是详细对比： 
1. 法律基础与适用主体
| 项目 |
合伙协议 |
公司章程 |
| 适用主体 |
合伙企业（普通合伙/有限合伙） |
公司（有限责任公司/股份有限公司） |
| 法律依据 |
《合伙企业法》 |
《公司法》 |
| 签署主体 |
全体合伙人 |
全体股东（或发起人） |
2. 法律性质与效力
| 项目 |
合伙协议 |
公司章程 |
| 法律性质 |
民事合同（约束合伙人之间的权利义务） |
组织宪章（公司治理的“宪法”） |
| 生效条件 |
全体合伙人签署生效 |
经工商登记后对外生效 |
| 对外效力 |
主要约束合伙人内部关系 |
约束公司、股东、董事、监事及高级管理人员 |
3. 核心内容侧重点
| 文件 |
核心内容 |
| 合伙协议 |
- 出资方式、比例
- 合伙事务执行（决策机制）
- 利润分配与亏损分担
- 入伙/退伙/除名条件
- 合伙解散清算 |
| 公司章程 |
- 公司名称、住所、经营范围
- 注册资本与股东出资
- 公司治理结构（股东会、董事会、监事会职权）
- 股权转让规则
- 利润分配
- 解散清算程序 |
关键区别：
公司章程必须包含法定治理结构（如股东会、董事会等），而合伙协议中合伙人可自由约定事务执行方式（如委托一名合伙人全权管理）。
4. 修改程序
| 文件 |
修改程序 |
| 合伙协议 |
需全体合伙人一致同意，除非协议另有约定。 |
| 公司章程 |
股东会特别决议（2/3以上表决权通过），并需办理工商变更登记。 |
5. 责任承担方式
| 组织形式 |
责任承担 |
| 合伙企业 |
普通合伙人承担无限连带责任；有限合伙人以出资额为限担责。 |
| 公司 |
股东均以认缴出资额/认购股份为限承担有限责任。 |
6. 实务中的典型区别
| 场景 |
合伙协议 |
公司章程 |
| 股权/份额转让 |
可约定禁止转让或需全体同意 |
公司章程可限制股权转让，但不得完全禁止（公司法有强制性规定） |
| 决策机制 |
可自由约定（如一人一票、按出资比例等） |
公司法对股东会/董事会表决程序有强制性规则（如2/3通过重大事项） |
| 加入新成员 |
新合伙人入伙需全体一致同意 |
新股东可通过股权受让加入，无需全体同意 |
总结：核心区别图示
合伙协议 公司章程
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│ 合同属性 │ │ 组织宪章属性 │
│ 约束合伙人内部 │ │ 约束公司及所有关联方│
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┌───────────────────┐ ┌───────────────────┐
│ 灵活性高 │ │ 法定结构性强 │
│ 可自由约定管理机制│ │ 需设三会一层 │
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│ 普通合伙人无限责任│ │ 股东均承担有限责任 │
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何时使用？
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